Изначально Петер был заявлен как нападающий и даже сумел забить шесть голов, но позднее он переквалифицировался во вратаря. Юным датским дарованием заинтересовались в Англии, и в 1987 году на переговоры с датской командой прибыли представители клуба «Ньюкасл Юнайтед». Впрочем, Петера игроки «сорок» посчитали малоопытным и решили не покупать. Только в 1991 году «Манчестер Юнайтед» всё-таки приобрёл Шмейхеля. По разным данным, стоимость трансфера составляла от 500 до 800 тысяч фунтов стерлингов. Сэр Алекс Фергюсон впоследствии называл этот трансфер «покупкой столетия».

В составе клуба Петер добился грандиозных успехов: в 1994 и 1996 годах в составе «Манчестер Юнайтед» он сделал «золотой дубль», а в 1999 году последовал «требл» — выиграны были Чемпионат Англии, Кубок Англии и Лига чемпионов. За всю свою историю Петер Шмейхель почти ни разу не подвергался критике со стороны тренеров. Его единственный конфликт с Фергюсоном случился в январе 1994 года, когда при счёте 3:0 в свою пользу «Манчестер Юнайтед» умудрился пропустить сразу три мяча от «Ливерпуля». После игры Алекс Фергюсон раскритиковал Шмейхеля, в ответ на что тот даже ответил в более грубой форме. Спустя несколько дней Петер принёс извинения всей команде, и их вскоре принял и Фергюсон.

Петер, несмотря на своё амплуа, не утратил во время карьеры бомбардирские способности. 26 сентября 1995 в рамках первого раунда (или 1/32 финала Кубка УЕФА) «Манчестер Юнайтед» на домашнем поле встречался с российским клубом «Ротор» из Волгограда. Это была ответная игра за право пройти в следующий раунд. Манкунианцы проигрывали со счётом 1:2 к концу встречи, однако в конце матча судья назначил угловой удар. Прибежавший в штрафную Петер Шмейхель сумел с подачи Райана Гиггза переправить мяч в ворота волгоградского клуба. По сумме двух встреч «Ротор» всё же прошёл дальше, однако этот гол стал одним из самых известных голов в истории «МЮ».

Высшим достижением в составе «красных дьяволов» у Шмейхеля была победа в финальном матче Лиги чемпионов 1999 против мюнхенской «Баварии». Петер, несмотря на пропущенный быстрый гол, несколько раз выручал свою команду, а на последних минутах встречи даже вбежал в штрафную площадь противника и своими действиями помог сравнять счёт, что в конечном итоге принесло победу манкунианцам. После игры Петер Шмейхель и сэр Алекс Фергюсон вместе подняли Кубок Лиги Чемпионов.

По окончании сезона 1998/1999 Петер, которому было уже 36 лет, покинул команду, несмотря на уговоры болельщиков и игроков. Высокая динамика английской игры вкупе с вечно перегруженным календарём «Манчестер Юнайтед» склонила Петера в пользу переезда в теплые и более спокойные края. С лиссабонским «Спортингом» он выиграл чемпионат Португалии, прервав трехлетнее доминирование «Порту», но затем неожиданно вернулся в Англию, чтобы провести ещё два сезона в составах «Астон Виллы» и «Манчестер Сити». В составе «Астон Виллы» Петер оформил ещё одно историческое достижение, став первым вратарём АПЛ, забившим гол в чемпионате. Карьеру завершил в 2003 году.

Достижения

Чемпион английской Премьер-лиги (5): 1992/93, 1993/94, 1995/96, 1996/97, 1998/99
Обладатель Кубка Англии (3): 1993/94, 1995/96, 1998/99
Обладатель Кубка Футбольной лиги: 1991/92
Обладатель Суперкубка Англии (4): 1993, 1994, 1996, 1997
Победитель Лиги чемпионов: 1998/99
Обладатель Суперкубка Европы: 1991